真菌毒素是真菌生长过程中产生的代谢物，会污染作物中的食物，对人们的健康造成一定的危害，对食物造成巨大的危害，因此需要检测食物中的真菌毒素。那食品中真菌毒素的检测方法有哪些呢？

一、薄层层分析法：
     薄层分析是用适当的提取溶剂从样品中提取霉菌毒素，经柱层分析净化，然后在薄层板上层分析，利用霉菌毒素的荧光性，根据荧光斑的强度和标准进行比较。TLC样品预处理繁琐，提取净化效果不理想，提取液中杂质较多，影响展开时斑点的荧光强度。
二、色谱法：
     色谱法，包括薄层色谱、气相色谱、液相色谱等，一直是真菌毒素的重要化学分析方法。现在更常见的真菌毒素分析方法是液相色谱法，包括液相色谱-质谱联合技术。该方法快速准确，但需要昂贵的仪器设备，仅限于专业检测机构的科研、调查、分析和监测，未能在企业和基层广泛推广，其滞后效应大大降低了实际生产的指导效果。
三、免疫化学检测法:(胶体金免疫层析法，酶联免疫吸附法)
     免疫检测方法是一种基于抗体与抗原或半抗原之间的选择性反应的生物化学分析方法。通常选择性高，检出限低，广泛应用于各种抗原、半抗体或抗体的测定，一般可分为荧光免疫、发光免疫、免疫、电化学免疫等非放射性免疫和放射性免疫，其中酶联免疫吸附法广泛应用于饲料霉菌毒素检测（ELISA）还有胶体金免疫层析法。食品真菌毒素检测仪采用酶联免疫吸附法。
免疫检测方法适用于饲料厂、粮油/食品加工厂、农场等企业对原材料或成品的检测和工商质量监督部门的现场检测，因为它具有快速、灵敏、准确、可定量、操作简单、无贵重仪器设备、样品纯度要求低等特点。